全自動細胞計數儀采用體細胞自動計數儀，設置有兩個電極并設定脈沖的臨界水平，當牛乳體細胞通過電極狹縫時會改變液體的電導性從而產生電脈沖，高過臨界水平而被記錄下來，從而計算出牛乳的體細胞數量。但此方法需要加入固定試劑甲醛，并需要培養10多個小時的試劑，前期處理麻煩且費時。
全自動細胞計數儀的計數意義：
測定牛群乳房炎狀況
體細胞數是牛奶品質和奶牛健康狀況的重要指標，反映了奶牛乳房炎的感染情況，成為診斷乳房炎的國際性標準。研究表明，當奶牛的牛乳體細胞數低于20萬/mL時，其處于健康狀態；大于20萬/mL且小于100萬/mL時，其患有隱性乳房炎；大于100萬/mL時，奶牛患有臨床性乳房炎。
決定擠奶順序和淘汰奶牛
奶牛的體細胞數過高會成為感染源，為了減少病源的擴散應盡量將這些牛排在最后擠，若條件允許，應該使用單獨的擠奶器。若奶牛的牛乳體細胞數持續居高不降，而且通過診斷和治療仍不能解決問題，那么就會面臨將其淘汰，因為這些奶牛(尤其是在感染乳鏈球菌及金黃色葡萄球菌時)將可能感染其它奶牛。
判斷生鮮乳的品質
原料生鮮乳的質量對加工出乳制品的品質有很大影響，因此絕大部分乳業發達國家都把牛乳體細胞數作為牛乳收購標準之一。據1995年美國農業部規定，新鮮牛奶中的牛乳體細胞數量不得超過75萬/mL，不然不能作為商品在市場上銷售。世界上對牛乳體細胞數控制最為嚴格的是瑞士，規定SCC不超過10萬/mL；新西蘭和澳大利亞規定其不超過20萬/mL；歐共體規定其不超過40萬/mL；加拿大規定其不超過50萬/mL。
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